Vukovarski je franjevački samostan s velikom samostanskom, ujedno i župnom crkvom sv. Filipa i Jakova, smješten na visokoj zaravni uz Dunav, pri vrhu Šlezije (Gajeva ul.), i na početku Šamca kao najstarijeg dijela grada.

Temeljni kamen crkve, posvećene apostolima sv. Filipu i Jakovu, i samostana na visokom, slikovitom položaju, iznad Dunava, koji je ostao simbolom i dominantnom točkom samoga grada tijekom stoljeća, postavljen je već 1723. godine, a crkva je izgrađena za deset godina i 1733. posvećena, te tijekom daljnjih godina dograđivana. Samostan je dovršen 1736. godine.

Samostan i crkva tipični su primjeri „marijaterezijanskog baroka“ koji je u kontinentalnoj Hrvatskoj utisnuo osebujan biljeg i naseljima i krajoliku.

Samostan s crkvom u svome monumentalnome arhitektonskom habitusu stoljećima je čuvao neprocjenjivo umjetničko i kulturno blago, posjedovao je vrlo vrijedan inventar, te bogatu knjižnicu s rijetkim izdanjima kao i malu galeriju slika. Po kompleksnosti i cjelovitosti baštine svrstan je među najvrjednije spomeničke sklopove kontinentalne Hrvatske. Registriran je kao spomenik kulture visoke A (I) kategorije (ROS – nepokr. Sakr. spom.: reg. br. 106, dos. 125).

Temeljni kamen za samostan i crkvu postavljen je svečano 23. lipnja 1723. godine. Samostan je s prvim katom dovršen 1736., a posve dovršen s drugim katom 1756. godine po meštru Karlu iz Osijeka.

Crkva je dovršena za 10 godina, s tim da je kasnije preuređivana i dograđivana. Svoj konačni oblik vukovarski je franjevački samostan sa crkvom sv. Filipa i Jakova dobio po arhitektu Richardu Jordanu iz Beča, nakon velike historicističke obnove i proširenja crkve (1896. – 1897.). Tom dogradnjom vukovarska crkva, sa 58 metara dužine, postaje, odmah iza zagrebačke i đakovačke katedrale, treća crkva po dužini u Hrvatskoj.

Staru jednobrodnu građevinu (dugu 28 m), natkrivenu malo spljoštenim bačvastim svodom sa susvodnicama Jordan je produžio za 24 m, natkrivši taj novi dio sa tri kupolasta  svodna polja na pojasnicima. Na novom dijelu, crkvu je i proširio sa dva bočna broda („kapele“), sugerirajući transept i točku križišta uporabom nadvišenoga kupolastog svoda. Ideju križišta Jordan je snažno naglasio u vanjskoj silueti crkve, ugrađujući u jednostavni dvostrešni kroz komplicirano šatorasto krovište s piramidalnim završetkom. Sve to Jordan je zaključio novim polukružnim svetištem (dubine 5,78), pa se vukovarska franjevačka crkva svojom nevjerojatnom izduženošću (…) i dužinom od 58 m svrstala među najveće hrvatske crkve. R. Jordan je nadahnuće za obnovu potražio u baroknom izvorniku.

Nadahnut općim baroknim ugođajem grada i Eltzova dvorca, manju je baroknu crkvu povećao odvojivši središnji brod od pobočnih prostranih „kapela“ sustavom stubova. Iz vremena Jordanove adaptacije su i bočna proširenja galerije kora, te novi ulaz u kriptu ispod kora. Zamašne građevinske radove solidno je izveo vukovarski građevni poduzetnik Vilim Philipp.

Taj impresivni sklop, kao najmarkantnija građevina baroknog Vukovara, izazvao je pažnju onovremenih putopisaca (…) I samostan i crkva zidani su izrazito masivno od čvrsto pečene opeke iz vukovarske ciglane, debelih je zidova i teške tektoničke strukture.

U Domovinskom ratu, koji je Hrvatska vodila u obrani od velikosrpske agresije, Vukovar je teško stradao. U tijeku bestijalnih napada na Vukovar, na crkvu i samostan palo je više od 3.000 raznih granata i projektila. Nakon oslobodilačke operacije „Oluja“ (kolovoz 1995.) i Daytonskog sporazuma (studeni 1995.) srpski agresori, povlačeći se iz okupiranog Vukovara, htjeli su iza sebe ostaviti još veću pustoš. Naumili su crkvu 1996. godine sravniti sa zemljom, izbušivši 22 minske rupe u njezinim zidovima i stupovima. Te zloćudne namjere u posljednji je trenutak uspio zaustaviti, tadašnji privremeni upravitelj okupiranog istočnog dijela Hrvatske američki general J. P. Klein, poslavši UN-ove trupe u vukovarsku crkvu.

U potpunom okruženju od kolovoza do studenoga 1991. godine grad je potpuno razoren, poginuli su brojni branitelji i civili, a preživjelo je hrvatsko stanovništvo prognano iz svojih domova. Vukovarska crkva i samostan pretrpjeli su razaranje i odnošenje većeg dijela umjetničkog inventara izvan Republike Hrvatske. No, zahvaljujući franjevcima, koji su do posljednjega dana ostali u Vukovaru, predvođeni gvardijanom, fra Branimirom Kosecom, sačuvan je i dio samostanskog blaga i sakralnog inventara crkve.

Kompleks Franjevačkog samostana sa crkvom sv. Filipa i Jakova jedan je od najsnažnijih povijesnih simbola hrvatskog identiteta Vukovara, i stoga su razlozi njegove obnove mnogo složeniji od puke želje za revitalizacijom spomeničke baštine, kao i od razumljive funkcionalne potrebe vjerničke zajednice da u Vukovaru ima dostojan sakralni prostor. Bit će to, naime, obnova jednoga od najvažnijih elemenata naše kolektivne memorije i dokaz da smo se unatoč svemu – vratili.

Župna crkva sv. Filipa i Jakova u Vukovaru smjestila se poput snažne tvrđave na brijegu kraj Dunava. Malo po strani od gradske buke i prometa, a opet u samome središtu grada. Slijeva je spojena s velikim franjevačkim samostanom koji s njom tvori karakteristični kvadrat s kipom sv. Antuna u sredini. Kad stupiš unutra, u onom golemom prostoru obuzme te osjećaj malenosti i Božje veličine, ali i mira, i sabranosti. To je hodočasnička kuća Vukovaraca. Tu su krštene mnoge generacije i danas primamo Božje oproštenje, hranimo se Kruhom života, slušamo Božju riječ, primamo sakramente (…)  Sav je ovaj prostor na neki način ispunjen nebrojenim uzdasima, molitvama za pomoć u nedaćama života, kliktajima blagdanskih radosti, iskazima istinske pobožnosti i skrušenosti.

Što je ta crkva zapravo značila, što još uvijek znači, doživjeli su Vukovarci za vrijeme nedavne agresije na našu Domovinu (…) Sasvim je sigurno da Vukovarci pate zbog izgubljenog, razorenog rodnoga doma, ali ta je bol puno manja i ne može se usporediti s patnjom zbog razorene Božje, naše kuće, kuće generacija, kuće djece Božje. No, ona je sagrađena i popravljena, ona je opet duhovni dom Vukovaraca, ona će opet biti obnovljena u svjetlu stare slave. Da su u potrazi za vjerom u bolje sutra, mirom napaćene duše i snagom za oprost stanovnici ovoga grada došli do svoga cilja, pokazuje opet ispunjeni duhovni dom Vukovaraca – crkva sv. Filipa i Jakova.

Duhovnu misao pripremio je fra Ivica Jagodić.