U kripti će, obnovljenoj u muzejskom stilu, biti 15 sarkofaga članova grofovske obitelji Eltz koji su tamo pokopani. Projekt obnove završen je i počinju radovi prikupljanja razbacanih kostiju.

Financijska konstrukcija nije zatvorena, kaže Jagodić i napominje da će biti potrebno oko 700.000 kuna te da se još traže donatori kao i da je grof George Eltz najavio sudjelovanje u obnovi postavljanjem spomen ploče.

Kripta spomena vukovarskih žrtava bit će otvorena javnosti, a tamo će se i vjernici moći pomoliti za pokopane franjevce i Eltzove.

Relikvije sv. Bone u Vukovar su stigle 24. lipnja 1754. i do Domovinskoga su rata bile izložene u crkvi na oltaru sv. Bone te u kriptu prenesene kako bi bile sačuvane od granatiranja, no tamo su spaljene u vrijeme okupacije Vukovara.