Prepoznatljivost vukovarskog radija na razini Hrvatske dobila je na značenju u godinama osamostaljenja Hrvatske. Tako je 4. svibnja 1991. radio dobio ime Hrvatski radio Vukovar. Radijski program je ubrzo iz uobičajenog postao ratni te je imao isključivu funkciju emitiranja pravodobnih informacija o mogućem napadu. Živote su izgubili Siniša Glavašević, Vladimir Levar, Stjepan Penić, Branimir Polovina i Zdenko Purgar. Posljednji glas legendarnoga radija čuo se 18. studenog 1991. U progonstvu Hrvatski radio Vukovar prvi se puta u eteru ponovo oglasio 7. rujna 1992. iz prostorija Radio postaje Vinkovci emitirajući sat vremena programa dnevno. Iz vlastitog studija u progonstvu počeo je emitirati 7. ožujka 1994. u prostorijama vinkovačkog "Vintexa", a kasnije i iz "Graditelja". Hrvatski radio Vukovar posljednji je otišao iz okupiranog grada 1991. i prvi se vratio kući 23. prosinca 1997. Toga dana na 11. katu vukovarskog Hotela za samce iz vlastitog studija upućen je radijski pozdrav iz slobodnog Vukovara.
Povratkom u grad radio je opet dobio na važnosti jer je postao glavni izvor informacija povratnicima, a uz informiranje udahnuo je i život novom, današnjem Vukovaru. Postupno je program postajao sve kvalitetniji i započelo je emitiranje cjelodnevnog programa. Hrvatski radio Vukovar postao je najslušaniji radio u Vukovarsko-srijemskoj županiji i među najslušanijim radio postajama Hrvatske. Emitirajući program putem interneta radio je postao prepoznatljiv i rado slušan među iseljenicima diljem svijeta. Od 15. rujna 2004. godine Hrvatski radio Vukovar djeluje iz vlastitih prostorija u središtu grada, a novinarskom i tehničkom ekipom pokriva cijelu Vukovarsko-srijemsku županiju.
Radio danas ima informativnu i zabavno-glazbenu redakciju, a uz to je i izdavač Vukovarskih novina. Program emitira 24 sata dnevno, a djeluje i u sustavu mreže Media servisa kao jedan od njegovih osnivača. Slušanost radija danas dnevno doseže oko sto tisuća slušatelja što ga čini jednim od najslušanijih lokalnih radija u Hrvatskoj, ispred njega su po slušanosti jedino radijske postaje s nacionalnom ili regionalnom koncesijom. Hrvatski radio Vukovar danas program emitira na glavnoj frekvenciji 107,2 MHz, a u pojedinim dijelovima Vukovarsko-srijemske županije i na frekvencijama 104,1 i 95,4 MHz.