Tada je protiv Stanišića i Simatovića podignuta optužnica za ratne zločine počinjene u ratovima u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini, a oni su uhićeni u ožujku te godine.
Optuženi Stanišić i Simatović nisu nazočili završnim riječima pošto im je odobrena privremena sloboda u Srbiji.
Tužitelj Douglas Stringer ocijenio je da su i u ponovljenom postupku dokazane optužbe da su dvojica optuženika sudionici udruženog zločinačkog pothvata čiji je cilj bio "uspostavljanje teritorija s potpunom srpskom dominacijom", nasilnim i trajnim protjerivanja nesrpskog stanovništva s velikih područja u Hrvatskoj i BiH. Taj plan su, rekao je Stringer, ostvarivali angažiranjem postrojbi Crvene beretke, Srpske dobrovoljačke garde Željka Ražnatovića-Arkana i Škorpiona, iza kojih su na bojištima ostajali "teški i neizbrisivi zločini" u dvjema bivšim republikama SFRJ.
Stringer je u zaključku završne riječi istaknuo kako je tužiteljstvo i u ponovljenom suđenju dokazalo da su Stanišić i Simatović krivi ili odgovorni za progone i zločine nad najmanje 340.000 žrtava te da su "znatno doprinijeli" udruženom zločinačkom pothvatu od 1991. do 1995. čiji je cilj bilo "uspostavljanje teritorija koji su Srbi smatrali svojim", nasilnim i trajnim uklanjanjem drugih naroda s velikih područja dviju država.
Pred vijećem suca Burtona Halla obrana je inzistirala da krivnja optuženih nije dokazana te da se tužbe temelje na pretpostavkama, retoričkim tvrdnjama i konstrukcijama, a ne na valjanim dokazima.
Obrana navodi da su postrojbe, koje su počinile zločine, bile pod kontrolom Službe javne sigurnosti MP-a Srbije i njezina tadašnjeg načelnika Radovana Stojičića Badže, ubijenog u Beogradu 11. travnja 1997.
