U svibnju 1988. godine imenovan je za petog saveznog ministra obrane Jugoslavije, a ostavku je podnio 6. siječnja 1992. godine u jeku ratnih zbivanja.

Bio je na čelu JNA 1991. godine kada su vođene operacije u Vukovaru i Dubrovniku, zbog čega je protiv njega u Hrvatskoj bila podignuta optužnica. Nakon pada Vukovara, podijelio je odlikovanja Mili Mrkšiću i Veselinu Šljivančaninu, svojim oficirima koje je poslao u napad na grad.

Iste je godine bezuspješno pokušao ishoditi podršku ruskog generala Jazova za provedbu vojnog puča u raspadajućoj SFRJ.

Nakon umirovljenja, naslijedio ga je njegov najbliži suradnik Blagoje Adžić, koji je zajedno sa Slobodanom Miloševićem bio među glavnim arhitektima ratnog udara Srbije na Hrvatsku.

Iz Srbije je Kadijević pobjegao kada mu je 2001. godine stigao poziv iz Haškog suda da se ondje pojavi kao svjedok.

Skrasio se u Rusiji, a ukazom tadašnjeg predsjednika Ruske Federacije Dmitrija Medvedeva 2008. godine dobio je državljanstvo.

Prije toga je dobio status izbjeglice, a u Hrvatskoj su protiv njega podignute tri optužnice za zločine protiv civilnog stanovništva - u Bjelovaru, Vukovaru i Osijeku.

Unatoč njegovoj ključnoj ulozi u ratnim zbivanjima, Haški sud protiv njega optužnicu nije podizao.