Tijekom Domovinskog rata dvorac Eltz je pretrpio velika oštećenja, a zbirke koje su se tu čuvale također su stradale: dio je potpuno uništen, dio je nepovratno nestao, a dio je odvezen u Srbiju. Nakon dugogodišnjeg truda i diplomatskih aktivnosti Ministarstva kulture RH taj dio zbirke vraćen je u Vukovar 13. prosinca 2001. U vrijeme progonstva muzej djeluje u Muzeju Mimara u Zagrebu, a u Vukovar se vraća 2008. godine.
Nakon višegodišnje obnove Dvorca Eltz, koji je obnovljen u sklopu projekta "Istraživanje, obnova i revitalizacija kulturne baštine Ilok –Vukovar-Vučedol" financiranog sredstvima Vlade Republike Hrvatske, Ministarstva kulture i zajmom Razvojne banke Vijeća Europe, 25. siječnja ministrica kulture Andrea Zlatar Violić otvorila je svečano prvi dio stalnog postava Gradskog muzeja Vukovar.
